ChemBioDraw 11.0的发布
新增了具有创新性功能的标准工具软件
ChemBioDraw Ultra 11.0 用来对化学结构式和生物学途径进行绘图和分析，它是CambridgeSoft发布的最新的一套单机版产品。 ChemBioDraw产品在各科学领域，计划地提高生产力。 一套ChemBioDraw Ultra 11.0 软件，除了包括ChemDraw Ultra外，还含有以下：
- BioDraw Pro是用于生物学途径的制图
- Chem3D Std是用于建模和可视化
- ChemFinder Std是用于数据库的检索和管理
- E-Notebook Pro是用于研究记录的保存
- ChemDraw/Excel这个插件和应用软件是用于扩大ChemBioDraw的功能
ChemDraw是同行业中标准的软件，备受全世界科学家的青睐，科学家可以用ChemDraw绘制精确的化学结构式进行数据库搜索或者准备出版物品质要求的图形。 它还有一些分析功能。如：NMR预测、化学计算法网格计算、属性计算、Name=Structure预测等。 在这里我们将介绍一些有助于高效率地绘制化学结构式的方法，例如热键、模板、昵称的使用。 另外我们还将回顾一下ChemDraw和BioDraw应用软件的新功能。
ChemBio3D Live Link
ChemBio3D Live Link可以把二维的结构表示成三维图像。 选择View菜单中的”View 3D Preview”这个新的菜单项目，一个新的移动的窗口便会打开，当前结构ChemBio3D将转化成三维形式显示在新窗口中。 在3D Preview窗口的工具栏中，用户可以选择性的改变显示模式，结构式的移动、旋转、缩放、连续旋转或者摇动以及启动ChemBio3D应用程序。 必须安装最新的ChemBio3D才能使用这个工具，因此这个工具是Windows专用的。
图1: 显示在二维ChemDraw结构式旁边的3D Preview 窗口。
自动更新设置
新标签“Auto-update”是追加在Document Settings 以及Object Settings 对话框中。 当从Analysis窗口以及Chemical Properties窗口粘贴属性时，这个设置能改变所使用标签的显示。 例如：为了节约空间，改变图2的“Molecular Weight”的默认标签为“Mol Wt”。 Document Settings中所做的改变会影响到所有新添加的对象。 用户也可以在Object Settings对话框中改变这些设定，但是这些改变只对所选的对象产生影响。
用户也可以通过直接编辑某个文本框来单独改变这个标签。 但是不能改变行数或者计算的值，如果改变，更新就会失效。
图2： Auto-update这个document settings用以修改Structure Analysis所输出的标签 。
图3： Structure Analysis输出的默认标签
ChemBioFinder Database Gateway HotLink
在ChemDraw Ultra 11.0,用户可以选择一个结构式，然后使用ChemBio Finder Database Gateway HotLink实行动态数据库的检索。 在ChemDraw的View菜单中已经追加了新的菜单项目“Show Database HotLink Window”，使用这个菜单项目，能切换浮动窗口的表示/非表示。 数据库搜索的结果表示的浮动窗口如 图4。搜索结果包含可以连接到数据库信息源的链接，结构属性，名称，别名和化学标识符（ACX ID和CAS号码等）。
图4： 动态搜索结果表示在ChemBio Finder 数据库的HotLink窗口
New Freehand Pen Tool
在Pen tool栏，能使用曲线作图关联的“曲线作图”（默认）和“曲线编辑”的工具(参照图5）。 使用新的曲线作图工具，就能简单作出平滑曲线。 画曲线的同时按住Shift键，可以控制曲线的平滑度。 结合涂色或者褪色的功能一起使用新的曲线作图工具，能在作图区内作出涂上色的区域。 曲线编辑工具是以前版本具有的工具。 使用这个工具能作出贝塞尔曲线（这种曲线是通过计算分散点并把它们连接成一个平滑曲线）。 用Pen tool作贝塞尔曲线，只需不断地点击和拖动便可将点连成曲线片段。 这两种类型的曲线都可以通过选中控制点拖动的方法进行修改（参照下面 图5）。
图5: 用新的Pen tool栏（左上）和曲线作图工具作出平滑曲线（上），编辑已存在的曲线时使用的控制点（下）
SD文件的输入和输出
ChemDraw11.0目前支持包含多个结构式的SD文件的输入和输出。 这个功能能够快速的输入多个结构式到ChemDraw文档，或者把包含在一个ChemDraw文档内的多个结构式输出到把每个结构单独分开存储的文件中。 后者的方法在保存族性结构展开的结果时特别方便。在族性结构展开结果中，因为一般一个ChemDraw文档可能包括多达500个结构式。 使用SD文件形式，输入这些结构式到ChemDraw/Excel或者ChemFinder Chemical,可以进行结构式/数据的分析或搜索。
增强了反应的自动识别能力
ChemDraw 11.0进行了一些调整改进了其对化学反应的识别能力。 在View菜单中追加了“Show Reaction Interpretation”新的命令。 这个命令选中后，用户在反应箭头上移动鼠标的时候，彩色方框会显示哪些物质被认为是属于这个反应的。 这些不同的颜色提示:反应物（红色）、生成物（紫红色）、向上箭头（蓝绿色）、向下箭头（蓝色）,可以让用户重新安排反应保证这个反应是被正确识别的。
图6: ChemDraw反应智能解读工具的插图
另外，关于反应成分的确定已经制定了新的指导方针。 以下是概述。
- 一个反应物或者生成物必须至少包含一个原子。
- 表示反应物或者生成物的标签必须能够以化学方法解释，必须使用公式字体。 其他标签则被忽视。
- 描述反应物以及生成物的标签必须是单独的。 如“CH3+H2O”等的单独标签将无法被正常解释。
- 描述反应条件，任何标签都能使用。
- 多个反应物或生成物用“+”符号连接。 不能用“+”符号连接时，那个反应被当作只有一个成分组成。
- 结构式由多个片段组成的时候，那些片段要结合成一个组才能被当成是一个成分。
- 目前，支持曲线箭头。
- “+”符号是为了避开被当作原子电荷，因此离任何原子的距离必须不小于可以相互结合成键的距离。
氨基酸序列和核酸序列的展开、缩写
根据新的顺序工具，使用ChemBioDraw库的昵称，能够绘制和展开缩氨酸序列和核苷酸序列。 用户使用表示各自的氨基酸或者核酸的一个或者三个文字的标签，就能简单的绘制氨基酸或者DNA链。 链画完之后，允许对每个残基实行个别的扩大、收缩、以及着色操作，允许把所有残基总括起来。 展开后，使用者点击那个残基的标签，能够选择和修正单独的残基。
图7: ChemDraw位于主工具栏上的序列工具栏。
图8: 氨基酸序列的缩写和展开形式的例子
立体化学升级
即使不像平常那样用立体键而是用一般的画图方式绘制的四面体立体化学, 在ChemDraw 11.0也能被识别。 这些变更依据的是IUPAC公布的最新立体化学描述指南。 举例如下：
图9: 立体化学性能升级后ChemDraw结构式。
自定义工具栏
用户通过可以修改工具栏把他们工作中最重要的功能进行强调。 用户可以添加、移动、取代或者重新调整工具栏。 还可以删除工具栏和创建自己的工具栏。 这些工具栏被定义在安装Chem & BioDraw的同时生成的一组XML文件中。 通过编辑XML文件，工具栏可以被修改成便于用户操作的形式。 工具栏的按钮可以被删除、重新命名、改变大小或移动到另一个工具栏。 用户也可以改变按钮图标，甚至创建或完全删除工具栏。
ChemDraw的主题： ChemDraw Classic、ISIS Draw等
用户可以自定义ChemBioDraw界面的主题。 主题只定义应用程序的整体界面，而不影响个别的功能。 许多用户喜欢最新ChemBioDraw Ultra 11.0提供的主题，虽然也有对旧版的设计感觉良好的用户。 另外，还有些用户因为长时间使用ISIS Draw，习惯于近似ISIS又包含所有Chem & Bio Draw功能的界面。 还有一种所有工具栏和按钮比较大的界面风格。 主题选项是能设定的。 点击File菜单中的Preferences，可以在Preferences对话框的general中进行设定操作。
R-基逻辑查询
ChemDraw先前推出的族性结构（Generic Structure）展开功能，是用Expand Generic Structure工具，可以由缩写的组合结构生成多个结构。 该工具是以小规模展开为目的的，生成的结构数限制在500个。 在ChemDraw 11.0，用户可以使用族性结构和一组R-基，对结构数据库进行搜索。 这叫做R-逻辑搜索。 执行R-逻辑搜索，能搜索到含R-基和这个族性结构结合的所有结构，这个结合是基于用户定义的布尔逻辑表达式。 这个R-基逻辑查询对话框在Structure菜单中。
BioDraw新功能
BioDraw工具栏追加了几个新工具栏，包括：tRNA、核糖体A & B（如下图）以及质粒图谱等。 此外，DNA以及蛋白质螺旋现在还可以单个挑选和能改变风格（颜色、描影、褪色、填充改进）。
图10: 新的BioDraw工具栏。
图11: tRNA和核糖体A & B
质粒图谱
质粒图谱工具是一个全新的功能。 当用户用质粒图谱工具点击画图区，一个对话框就会出现，提示在质粒图谱和空的质粒图谱中有多少个碱基对。 用context菜单，领域（所指定的范围）和标记（由一个位置和一个标签定义）能被添加到质粒图谱。 颜色和区域的显示同样可以修改。
循环反应
为了支持质粒图谱和循环反应，我们赋予了箭头一些新的功能。 箭头的context菜单的颜色填补菜单项现在包含填补、褪色和阴影选项。 此外，ChemDraw还允许均衡/非均衡箭头绘制弧线。 这是绘制循环反应不可缺少的功能。
注释
用注释工具可以给对象添加信息。 选择一个对象时注释选项仅应用于该对象，不选择对象时，注释选项应用于整个文档。 注释内容含有一个相关的关键字来描述该信息的类型（如：描述、姓名等），用户可以用一些预先设定的关键字，也可以添加新的关键字。
支持Microsoft Office 2007
ChemBioDraw Ultra 11.0不仅支持Microsoft Office 2007产品，也能继续支持Office 2000、Office XP以及Office 2003。这意味着用户可以用这个最新的软件把绘制的图添加到Word文档、Excel电子表格、PowerPoint演示文稿或者 FrontPage网站。
图12: ChemBioDraw的质粒图谱工具
总结
我们简单介绍了ChemBioDraw 11.0的显著发展。 这些新功能极大地提高了研究者在化学以及生物学领域的管理、发布、成果展示方面的能力。 大多新功能是为了提高操作效率，其余一些功能还允许用户对环境进行自定义、使与工作流程和个人喜好保持一致，更多ChemBioDraw信息，请通过电子邮件（software@cambridgesoft.com）或者电话（美国：1 617 588 9300、欧洲：00 800 875 20000、日本：0120 731 800）联系。 